El cantón Paquisha se encuentra entre los 812 msnm y 2400 msnm. La cabecera cantonal está a 835 msnm y a una distancia de 80 km., con respecto a la capital provincial.

La altitud promedio está entre 1606 msnm, con una máxima de 2400 en la zona alta del Zarza y una mínima de 812 en Bellavista. La topografía de Paquisha es accidentada, debido al efecto que provoca el entrelazamiento de las cordilleras Occidental y Oriental de los Andes que forma nudos y ramificaciones que se extienden hasta esta provincia; es altamente irregular con pendientes muy colimadas, cóncavas y convexas, que varían dese el 50y 100% de pendiente, La variedad de pisos altitudinales determinan así mismo diversos tipos de climas en la provincia, sin embargo predominan el subtropical, templado y con mayor tendencia el cálido-húmedo. El clima del cantón Paquisha corresponde al tipo Muy Húmedo Subtropical (MHSt). A partir de las cotas 600 – 1600, y desde los 1600 – 2800msnm, se identifica un clima del tipo Lluvioso Temperado (LlTp); la cantidad de lluvias registradas es de 2000 y 4000 mm anuales.

En general, el territorio cantonal alberga ecosistemas del sub-trópico y trópico conformados por vegetación arbórea originaria muy espesa, con cuencas y micro cuencas de gran importancia para la región.